20 января 2006 истечет срок полномочий губернатора Михаила Лапшина и к обязанностям высшего должностного лица Республики Алтай приступит Александр Бердников. 22 декабря Госсобрание Республики Алтай большинством голосов наделило его этими полномочиями, несмотря на протест ряда политиков региона. Лидеры алтайских национальных организаций обращались с требованием к Президенту страны В.Путину назначить Главой республики этнического алтайца, угрожая массовой кампанией уличного протеста. В день назначения парламент республики пикетировался протестующими. По информации газеты «Листок» к 13 часам у здания Госсобрания, появился учредитель газеты Сергей Михайлов с плакатом „Черным оружейникам“ не место во власти», а через полчаса у входа в парламент начал проводить пикетирование известный алтайский журналист Виталий Бочкарев — он пришел с плакатом «Не хочу жить по понятиям». Помимо пикетчиков у входа в Госсобрание скопилось 7–10 человек. В 13 часов 45 минут несколько милиционеров подошли к участникам пикета и потребовали, чтобы они немедленно покинули площадь. После того, как журналисты отказались это сделать, у них отняли плакаты, а сами они были задержаны сотрудниками отдела внутренних дел, препровождены в милицейские автомобили и доставлены в отделение милиции. Как сообщил один из свидетелей происшествия, приказ убрать пикетирующих отдал примерно в 13 часов 43 минуты некий человек в штатском. Он распорядился задержать протестующих, доставить в отделение и «продержать там, пока идет сессия Госсобрания». Что и было проделанно. Кроме журналистов был задержан еще случайный зритель, стоявший около пикетирующий и выражавший им сочувствие. Примерно через три минуты после того, как площадь была очищена от протестующих, к зданию Госсобрания приехал автомобиль Александра Бердникова и Анатолия Квашнина. В общем, заключает газета, « покраска травы в зеленый цвет удалась на славу - взоры начальства не были омрачены". По мнению депутата Госсобрания, доктора юридических наук Даниила Табаева, назначение Бердникова главой республики было произведено с большим нарушением конституционных законов. «Говорить о том, что это назначение — благо для народа, еще рано. У меня вызывает опасение, что может начаться наступление на демократические права граждан. Надеюсь, что трехлетний опыт работы главным федеральным инспектором по Алтайскому краю не прошел для Александра Бердникова даром, хотя перейти от командных методов (Бердников несколько лет возглавлял МВД Республики Алтай) к совместным согласованным действиям очень трудно». По мнению Табаева, часть депутатов Госсобрание проголосовала за нового главу республики под давлением.
Газета «Постскриптум» 29 декабря опубликовала обращение ага-зайсана (руководителя совета глав алтайских родов) Александра Бардина и сопредседателя правления общественной организации «Эне Тил» («Мать-земля») Михаила Сазанкина. В этом документе авторы объясняют мотивы подписания 8 декабря обращения к президенту Владимиру Путину с просьбой не назначать главой республики Александра Бердникова, а остановить выбор на этническом алтайце. «Мы обратились к президенту до того, как он принял решение по кандидатуре на пост главы Республики Алтай - это нормальное, демократическое явление. Во-вторых, и это главное, мы считаем, что с 1997 года Республикой Алтай руководили люди, которые не смогли сохранить то, что было сделано до них. Перестали существовать заводы и фабрики, развалилась заготовительная система облпотребсоюза, сельское хозяйство находится на грани выживания. Базары, где местные жители находили себе работу и содержали свои семьи, городские власти передают приезжим. Нас очень тревожит, что самые уникальные земельные участки по берегам наших рек и озёр отдаются на откуп приезжим состоятельным людям, а построенные турбазы и другие объекты не дают должной отдачи в местные бюджеты. Всё это накануне празднования 250-летия вхождения алтайского народа в состав России приобретает отрицательную окраску и наводит на грустные размышления. Ведь алтайский народ вошел в состав России добровольно. Он не был завоеван, он вошел в состав государства со своей собственной прекрасной землей. Все эти годы народ жил мирно, во всем соблюдая государственные интересы России. Народ знает, что это единственно правильная линия поведения. В то же время у алтайского народа ведь есть и собственные, не противоречащие общим интересам заботы и многочисленные национальные проблемы. И мы видим, что они усугубляются из-за откровенно слабого уровня руководства республикой начиная с 1997 года. Под вопросом само существование республики. Мы высказали пожелание, чтобы главой республики назначили человека, всем сердцем болеющего за родной край. Президент сделал свой выбор, мы его выбор уважаем, Но считаем, что до сведения Владимира Путина не довели наше предложение. Наши тревоги и опасения за настоящее и будущее нашего многонационального народа, за его благополучие заставляют нас не сидеть молча. Не надо нас обвинять в национализме, не надо вешать ярлыков и запугивать. Все видят, что руководство страны прохладно относится к финансированию подготовительных работ по празднованию 250-летия. До сих пор не проведено ни одного заседания федерального оргкомитета по празднованию. И невольно сопоставляется подготовка и празднование 1000-летия Казани и других юбилеев. Считаем, что самая мирная и пророссийская республика, каковой является Республика Алтай, достойна большего внимания и большей помощи со стороны руководства страны».